Rotterdam İslam Üniversitesi 16 Eylül 2013 tarihinde Bergsingel’daki binasında yeni 2013-2014 Akademik Yılını resmî bir tören ile başlattı. Katılımcılar arasında Rotterdam yüksek eğitimden sorumlu Vali Başkan Vekili bayan K. Louwes , Rotterdam İslam üniversitesi Rektörü Ahmed Akgündüz,  Birleşik Arap Emirlikleri Devlet Başkanının Müsteşarı Dr. Seyyid Haşimi ve Murakabe kurulu üyemiz ve aynı zamanda eski Katolik Üniversitesi rektör yardımcısı sayın Prof. Dr. J. Peters konuşmalarını büyük bir heyecan ile yaptılar.
Yeni 2013-2014 eğitim-öğretim yılı ulusal ve uluslararası misafirlerin yanı sıra birçok toplum ve kanaat önderlerinin yoğun iştiraki ile resmen açıldı.

Yönetim Kurulu üyelerimizden Ertuğrul Gökçekuyu üniversite ile alakalı bilgiler verirken öğrenci sayısının geçen seneye nazaran %300 arttığını ifade etti. Öğrenciler özellikle bu sene, Mart 2013 tarihinde tanınan İlahiyat Fakültesine büyük ilgi gösterdiğini ve iş bulma hususunda 150 camisi bulunan Hollanda Diyanet Vakfı ve 80 camisi bulunan Hollanda İmamlar Derneği gibi kurum ve kuruluşların yanı sıra birçok farklı kamu kurum ve kuruluşlarında çalışabileceklerine ifade etti. Bu eğitim yılında ilk defa başlayan yeni İslam İlahiyat proğramı 75 yeni kayıt ile start verdi. Böylece, tüm programları, kurslar ve sertifika programları genelinde 450 toplam öğrenci sayısı ile Rotterdam İslam üniversitesi yeni bir döneme başlamış oldu. Öğrenciler bu akreditasyon neticesinde Devletin tanımış olduğu burs ve ücretsiz toplu taşıma hakkına da sahip olmuş oldular.
İUR tarihinde yine ilk defa iki akredite edilmiş bir proğram, Manevi Rehberlik (MA) ve İslam İlahiyatı (BA), ile bu öğretim yılına başlandı. Ev sahipliğini yapan Rektör Prof. Dr. A. Akgündüz sıcak bir karşılama konuşması ile üniversitenin tüm Avrupa nezdinde önemine binaen şunları söyledi:
‘Bugün dünya büyük bir köy haline gelmiş bulunmaktadır. Müslümanlar ve gayr-ı Müslimler yan yana birlikte yaşamak, birbiri hakkında daha çok şeyleri öğrenmek ve en önemlisi de ortak değerleri paylaşıp farklılıklara saygı duymak zorundadırlar. Şu an dünya dediğimiz bu köyde 1,5 milyardan fazla Müslüman yaşamaktadır. Bunların bir kısmı dindar Müslümanlardır; ellerinden geldiğince İslamî hükümlere göre yaşamaya çalışmaktadır. Bu arada diğer bir kısım ise, dindar bir hayat yaşamamakla birlikte, bu kuralların Allah’dan (Kur’an), O’nun Peygamber’inin yorumlarından (Sünnet), yahut Müslüman hukukçuların icmâʿından ve nihayet kıyas yoluyla İslam’ın temel kaynaklarından çıkarılan hükümler olduğuna inanmaktadırlar. Müslümanların çoğunluğu bu doğrultuda düşünmekte ve yukarıda zikredilen tespitlere katılmaktadırlar. Okuyucu şunu unutmamalıdır ki, Müslümanlar özel hayatlarında İslamî hükümlere göre yaşamalıdırlar; ama hiçbir Müslüman fert, kamu alanında İslam Hukukunun uygulamasından sorumlu değillerdir.’ 
‘Biz Müslüman bilim adamları, özellikle Batılı ilim adamları tarafından İslam ile alakalı olarak yaptıkları genellemelerden ve ileri sürdükleri bazı sathi ve onur kırıcı tenkitlerden dolayı rahatsızız. İslam ve Müslümanlar ile alakalı konuşulan veya yazılan tenkitlerin çoğu, bu din içinde ve tabileri arasında bütün dünya dinlerinde olduğu gibi, ciddi teolojik ve etnik bazı farklılıklar yokmuş gibi yapılmakta ve dünyanın belli bir toplumunda görülen bir aksaklık bütün Müslümanlara ve İslam’a mal edilmektedir.’
Birleşik Arap Emirlikleri Devlet Başkanının Müsteşarı Dr. Seyyid Haşimi, Müslümanlar ile gayrı-Müslimler arasındaki diyaloğu ve olumlu yaklaşımları desteklediğini ifade etti. Bu üniversite Müslüman toplulukların akademik formasyonunu için büyük bir fırsat olduğunu ve aynı zamanda Avrupa toplulukları için bir platform sağladığını ifade eden El-Haşimi, Avrupa’daki Müslüman ve gayrı-Müslim herkes için İslami bilgilerin eğtiminde çok büyük bir ihtiyaç duyulduğunu da sözlerine ekledi. El-Haşimi ‘Ben bu üniversite ile batılı toplumların İslamı öğreneceğine inanıyorum. Akgündüz, İslam’ı anlatmak için akademik ve orta yolu seçti. Bu üniversite İslam dünyasının Avrupa’daki büyükelçiliği konumundadır.
Rotterdam Vali Vekili sayın K. Louwes, konuşmasında İUR’yi Hollanda vatandaşları arasında güven ve anlayışı artırıcı önemli bir unsur olarak gördüğünü söyledi. Sayın Louwes aynı zamanda İUR’nin kişiler ve kurumlar arasında önemli bağlantıların kurulmasında oynayabileceği role vurgu yaptı ve sayın Rektör Profesör Ahmet Akgündüz’ü tüm ekibiyle tebrik etti:
“Rotterdam Islam Üniversitesi iyi bir eğitim sağlamakla kalmıyor; aynı zamanda bir bilgi yuvası haline gelmiş durumda. Özelliklede iyi araştırmacıların yetişip sorgulayıcı özelliklerin geliştiği bir teşvik yeri. Belki daha da önemlisi, Rektör’ün ifadesiyle, gelişme için toplumumuz içinde köprülerin kurulduğu bir kurum. Bence izole olmadan, yeteneklerin geliştiği, fikir ve düşüncelerin büyüdüğü mükemmel bir zemin (…) Çeşitlilik hepimizin içinde olan bir gerçek, aynı zamanda bu şehrin genlerinde var olan bir gerçek. Ne mutlu ki Rotterdam şehrinin eğitim programlarında aynı ruhu görebilmekteyiz. Şehir olarak eğitim ve sosyal çevre arasında araştırma ve gelişme çok önem arz etmektedir. Bu Rotterdam İslam Üniversitesi için de geçerlidir. Sadece birlikte çalışmak değil, aynı zamanda yakın çevre ile bilgiyi paylaşmak. Aynı zamanda diğer eğitim kurumları ve toplum kuruluşları ile sağlam köprüler kurmak gerekmektedir. Bu bilgiyi paylaşmak istiyorum. Misyon ve vizyonunuza baktığımızda bu gücün İUR’ de mevcut olduğunu ve şehrimiz ile arasında belirli birliktelik umuyorum. Gereken her yerde belediye ve vilayet olarak size yardımcı olacağız.”

Murakabe Kurulu Üyesi ve aynı zamanda Nijmegen Katolik Üniversitesi eski rektör yardımcılarından olan Prof . Dr . J. Peters Katolik üniversitesinin yüze sene önce tanınma ve gelişme sürecinde yaşadığı zorluklara vurgu yaparak, Müslümanların dua, ibadet ve çok çalışma ile bu noktaya geldiğini ve daha hızlı yol alacaklarını ifade etti. İUR’nin ruhunda Müslüman toplulukların terakkisi misyonunun yattığını anlatan Peters ‘dünya ya açılmak, geniş ağların kurulması ve modern Hollanda toplumundaki akademik eleştirilerin Müslümanları güçlü kılacağını’ anlattı.
Profesör Peters aynı zamanda Hollanda Eğitim Bakanının tanınmadan sonra bütçe ve finansman hususunda duyarlı olmasını arzu ettiğini söyledi. Üniversitenin akademik araştırmalarının devamı için gerekli bütçenin verilmesi gerektiğini vurguladı. Müslüman araştırmacı âlimlerin yetişmesi için İUR’ ye büyük ihtiyaç olduğunu söyleyen Peters, bunların modern toplumlarda bu talebelerin özgürleşme sürecinin öncüleri olacaklarına inandığını söyledi. Bu eğitim için siyasi çevrelerin temin edeceği bütçeye ve araştırma ve araştırmacıların yetişmesi için de iyi bir temel ve kapsayıcı bir vizyona ihtiyaç vardır diyerek sözlerini tamamladı.
Daha sonra Dr. Refiif Kileci’nin sunduğu canlı ebru gösterisini izleyen misafirler, İUR kantininde hazırlanan tatlı ve tuzlu yiyecekleri tadarak ağız tadıyla Üniversiteden ayrıldılar.